Многие ОО поступают следующим образом:
Ученика на индивидуальном обучении оставляют в классе вместе с другими учениками (это соответствует реальному положению дел).
По тем предметам, которые он изучает ему выставлять оценки так же как остальным, а посещаемость не ставить.
По тем предметам, которые он не будет изучать вместе с классом, оценок и посещаемости ему не ставить, а в итоговых поставить "осв." (это позволит не ухудшить отчетность).
Учебный план (а также расписание) такого ученика можно в виде документа Word (или в Excel) поместить в раздел "Документы" в публичные документы. Там они будут доступны и ученику и его родителям и проверяющим.
Такие УП можно разместить для каждого ученика на индивидуальном обучении.
А ученика и его родителей можно уведомить о том, где они могут ознакомиться с учебным планом и расписанием на время болезни ребенка (можно по внутренней почте системы и через классного руководителя).

Но можно и перевести весь класс, где учится ученик на индивидуальном обучении на индивидуальный учебный план (ИУП).
Но ИУП предназначен, в основном, для профильных классов, чтобы можно было формировать предметогруппы из учащихся одного или нескольких классов по предмету. Хотя для учеников на индивидуальном обучении ИУП тоже можно использовать, но на это придется потратить много времени (из-за 1-2 учеников), т.к. на ИУП будет весь класс и придется по всем предметам формировать предметогруппы, и расписание будет  выглядеть громоздким.